Если я все правильно понимаю, вы атрибутом ошиблись: navContainer: "", // Selector: Where controls should be appended to, default is after the 'ul'
Тут вроде написано, что этот атрибут определяет просто контейнер для навигации. Для кастомного элемента управления используется, вероятно, следующий атрибут:
manualControls: "", // Selector: Declare custom pager navigation
