Алексей: Поэтому я и создал этот вопрос :) Потому что я также думаю, что это совершенно нелогично. Но конфиги очень простые, и заменил я в них только server_name. Просто мне показалось, что раз все так нелогично для меня, значит возможно я что-то упускаю, какие нибудь основы работы сети. Но как становится понятно по ответам у меня происходит действительно что-то странное :)
Я сам первым делом само собой подумал на ресурсы сервера, но по серверу nginx пишет, что запрос выполняется моментально, а, если я правильно понимаю, время в nginx включает в себя все. То есть и работу интрепретатора и всего остального.
Как это ничего не изменит, если я написал, что всего лишь поменяв ip на домен задержка пропала :) Плюс nginx насколько я понимаю в логах замеряет время от самого начала до самого конца. И вот на запросах с задежкой это время было минимальным (доли секунды). То есть задержка появлялась до nginx или после него. У меня уже большие подозрения начинают падать на настройки сети на моем компьютере (возможно фаервол антивирусный) или на провайдера