Пользоваться NuGet для работы с зависимостями (
https://www.nuget.org/packages/CompareNETObjects/ как раз то что вам нужно), а если уже пользуетесь - очевидно, нужно пофиксить список зависимостей в packages.config, или же сделать nuget restore перед вызовом MSBuild.
Раз сборка не находится, то либо: а) путь к ней неверный; б) путь верный, но она не выкачивается nuget-ом при сборке;
Еще может быть в) косяк с версиями/токенами, но это маловероятно.
Ну и само собой, если у вас код компилится и работает без проблем, удалите вообще этот референс из проекта.
