Получаем массив маркеров, перебираем его, для каждого маркера проверяем наличие маркера с похожими координатами (абсолютное значение разности координат меньше определённого). Если найденный маркер не является тем же, что и текущий проверяемый - удаляем проверяемый. Собрал небольшую
демку - можно порасставлять маркеры, вручную и случайно, настраивать допустимую разницу координат, удалять.
