Если бы в тегах у вас не стоял MySQL, я бы сказал - "используйте схемы". В нормальных СУБД "база данных" - это единица администрирования, а "схема" - это пространство имён, т.е. как раз то, что вам нужно для различных сервисов и подсистем.
Судя по тому, что вы описали, сервисов у вас несколько, но предметная область одна и та же, верно? т.е. эти сервисы всё-таки связаны, и возможно (даже вероятно) вам пригодятся связи между таблицами разных сервисов. И тут я бы тоже вам сказал "используйте схемы".
В разных БД желательно хранить абсолютно несвязанные данные, такие, что можно взять одну из БД и спокойно перекинуть на другой сервер, или вообще на другую СУБД. Например, в одной БД у вас CRM-система, а в другой хранит данные ваш почтовый сервер. А в третьей данные для промо-сайта.
Но т.к. вы указали MySQL, я говорю вам "используйте префикс к таблицам".
К ответу
Александр : как раз таки если это всё сервисы одного предприятия, то и авторизация лучше будет отдельным сервисом, наравне с остальными. Также со своей схемой/префиксом.
