Как один из вариантов, вместот списка использовать словарь
shop = {'картофель': 100, 'хлеб': 36, 'кефир': 30}
print('Что вы хотите удалить?')
a = input()
if a in shop:
del shop[a]
print(shop)
else:
print('Его нет')
Наврядли там пустота, так как скорее всего файл не успевает выгружаться в оперативку. А так есть несколько вариантов:
1) Неправильное расширенин файла
2) Кто то создал пустой блоб файл и поставил ему расширение джса по приколу
Средний
