Делаете git reset HEAD~1, где 1 это количество коммитов в которых были удалены файлы. Потом аккуратно убираете удаленные файлы из staging area и пушите все изменения на место.
Как я понимаю, у вас актуальная версия кода лежит в master? Вам, видимо, сначала нужно master замерджить в mybranch. Ну или пересоздать mybranch из мастера.
