WebDev

a = ["2", "3"].join("<br>")

У вас обычный примитивный поиск. "тяжесть" поиска зависит от размера таблицы, длины поля, индексов и мощности сервера. В целом, если значения в полях короткие, то нормально. Если у вас там тексты, то нужен полнотекстовый поиск (sphinx, elasticsearch).
Оптимизировать можно следующее:
1. нужно на стороне клиента тот момент, что сейчас у вас при каждом нажатии клавиши летит запрос. То есть если я наберу слово из 5 букв, то полетит 5 запросов. А нужен один. Используйте для этого тайм-аут. Гуглите js debounce.
2. Используйте не keyup keydown, а input. Сейчас при нажатии на клавишу у вас летит 2 запроса - при нажатии и при отжатии.

В каких случаях сервер может лечь? В случае слишком большого количества запросов к этому скрипту. Ну тут стоит отметить, что при большом количестве запросов любой сервер и любой скрипт положат рано или поздно сервер. Тут беспокоиться не о чем.

Можно, для этого используются инструменты selenium, katalon и тд.

$('.btn-add').on('click', function() {
    $(this).closest('section');
});

Пройтись регулярным выражением и обернуть в тег a

$('.send-message')[0].submit();

Не надо давать пользователям редактировать исходные файлы проекта. Вы скорее всего выбрали неправильный подход. Так никто не делает.

Это у вас настройки веб сервера неправильные. Надо чтоб все что после слэша вело на индексный файл.

На джаваскрипте можно классы менять у фона.

Через CSS transform.
Например для поворота на 90% что-нибудь такое:

/*Общий контейнер со всем содержимым*/
.container {
    transform: rotate(90deg);
}

/*Тексты кнопок*/
.text {
    transform: rotate(-90deg);
}

Более-менее везде. В мобильной разработке, в разработке софта под десктоп и тп. JavaScript - самый популярный ЯП в мире на сегодняшний день.