Если создавать домен с нуля, то он автоматом станет корневым доменом в лесе. Для настройки авторизации с другого домена нужно настривать трасты между доменами (консоль active directory domain and trusts). А так я очень рекомендую почитать какую-нибудь книгу по AD от той же MS Press, ибо в нескольких предложениях об этом все же не расскажешь.