Кизару

Использовал полифилл.
Этот

if (!Element.prototype.matches) {
  Element.prototype.matches =
    Element.prototype.msMatchesSelector ||
    Element.prototype.webkitMatchesSelector;
}

if (!Element.prototype.closest) {
  Element.prototype.closest = function(s) {
    var el = this;

    do {
      if (Element.prototype.matches.call(el, s)) return el;
      el = el.parentElement || el.parentNode;
    } while (el !== null && el.nodeType === 1);
    return null;
  };
}

Или

(function(ELEMENT) {
    ELEMENT.matches = ELEMENT.matches || ELEMENT.mozMatchesSelector || ELEMENT.msMatchesSelector || ELEMENT.oMatchesSelector || ELEMENT.webkitMatchesSelector;
    ELEMENT.closest = ELEMENT.closest || function closest(selector) {
        if (!this) return null;
        if (this.matches(selector)) return this;
        if (!this.parentElement) {return null}
        else return this.parentElement.closest(selector)
      };
}(Element.prototype));

https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/E...
https://developer.mozilla.org/ru/docs/Web/API/Elem...

Дело вкуса. Не могу сказать, что это очень плохой подход, но и используют его нечасто.

Проблемы, которые могут возникнуть - это конфликт имен с другими либами, которые используют такой подход.
Это пожалуй самая существенная проблема. Касается встроенных, стандартных объектов js'a, типа string, array и т.п.

С другой стороны, это может быть очень удобно в некоторых кейсах. Вызывать вашу кастомную функцию на строке или массиве. Допустим, для своих нужд вы сделали более производительный метод, или очень полезный лично в вашем проекте, который отсутствует в стандартах.

В общем, у стандартных объектов прототип я бы наверное трогать не стал, а у кастомных- почему бы и нет. Только в таком случае весь код нужно писать в прототипном стиле, без синтаксического сахарка.