Это можно делать и с открытым документом, но немного иначе.
1. Создайте новый документ с теми же параметрами, что ваши файлы
2. Нажмите File > Place
3. В окне размещения убедитесь, что Link включен
4. Нажмите Object > Flatten Transparency. Поставьте галку перед Convert All Text to Outlines. Нажмите ок.
Не забудьте отменить маску.
Дальше можете работать :)