У CKEditor есть плагин iframe, который заменяет все iframe элементы вот таким вот, как они называют, fake object. Но это происходит только при трансформации данных. То есть сначала youtube плагин вставляет iframe с видео не учитывая остальные плагины, а когда вы переключаетесь в режим wysiwyg из режима html, то ckeditor применяет трансформации своих плагинов. В данном случае, это недоработка разработчиков плагина youtube - они не учли и не позаботились об этом.
Лучшим решением будет вариант на основе виджетов, как стандартный
https://ckeditor.com/cke4/addon/embed - но там нет настроек видео, увы.
