Александр Карабанов

Но сайт не видит БД.

Небось в конфиге указан localhost в качестве хоста MySQL, но у каждого контейнера свой отдельный localhost и подключаться к нему бессмысленно. Если это так, то надо указать в конфиге имя контейнера с базой.

Такое ощущение, что БД исчезает

Не исчезнет, так как ты сделал bind-mount в директорию на хоствой машине -v $(pwd)/.data/mysql:/var/lib/mysql

server_name localhost; это не будет работать так,как ты ожидаешь - здесь должно быть имя домена.

По поводу proxy_pass

Синтаксис:	proxy_pass URL;
Умолчание:	—
Контекст:	location, if в location, limit_except

Задаёт протокол и адрес проксируемого сервера, а также необязательный URI, на который должен отображаться location. В качестве протокола можно указать “http” или “https”. Адрес может быть указан в виде доменного имени или IP-адреса, и необязательного порта:

Поэтому:

location / {
proxy_pass http://upstream;
proxy_set_header Host $host;
}

Ну и Nginx в качестве балансировщика нагрузки

2 дня мучаюсь, щас вот пишет что почему то не найдены

Разумеется не найдены. Содержимое контейнера изолировано от хостовой системы (в этом весь смысл), соответственно если директория /etc/letsencrypt не подмонтирована в контейнер, Nginx никак не сможет получить доступ к сертификатам.

docker run --rm -v /etc/letsencrypt:/etc/letsencrypt -p 80:9080 my-app

Тебе поможет ngx_http_realip_module

Real remote IP adress

FROM python:alpine3.14

WORKDIR /home/project

RUN python -m venv /home/project/env

Сложна. Нет смысла кастомизирвоать образ, достаточно подмонитровать директорию с script.sql в docker-entrypoint-initdb.d:

volumes: 
    - ./init:/docker-entrypoint-initdb.d

Если в том скрипте с нуля база данных создаётся, то надо не забыть и пользователя создать и грантов ему дать и переключиться на эту базу с помощью команды use <db_name> (где <db_name> свежесозданная база данных), ну а дальше собственно список запросов. И да, это всё не мгновенно происходит - надо предусмотреть в приложении проверку, что база полностью поднялась, задержку какую нибудь придумать...

CMD тоже нет смысла использовать - эти флаги можно передать из docker-compose.yml с помощью директивы command

command:
    - --character-set-server=utf8mb4
    - --collation-server=utf8mb4_unicode_ci

The LABEL instruction adds metadata to an image.

- ./docker/nginx/sites/:/etc/nginx/sites-available/

sites-available - это Debian style, в sites-available помещают конфиги, а в sites-enabled симлинки на них. Так что даже если бы ты использовал образ Nginx на основе Debian ничего бы не заработало.

Посмотрим, что там в образе с Alpine:

docker run --rm -it nginx:alpine ls -1 /etc/nginx

conf.d
fastcgi.conf
fastcgi_params
mime.types
modules
nginx.conf
scgi_params
uwsgi_params

Ага conf.d - значит там ванильный Nginx

docker run --rm -it nginx:alpine ls -1 /etc/nginx/conf.d/

default.conf

Вот в conf.d и надо поместить конфиг вместо default.conf

Переведи с английского сообщения. Станет понятно, в чём дело.
Чтобы решить проблему выполни:
docker stop $(docker ps -aq)
docker rm $(docker ps -aq)
docker-compose up -d