На скриншоте LoadAverage около 8 при 48 ядрах и полно свободной памяти, то есть сервер не нагружен, если при этом приложение работает медленно, можно предположить, что оно ожидает чего-то. Может оно обращается к внешнему API которое медленно отвечает?
Рекомендую проверить настройки DNS и убедится, что используется локальный кеширующий DNS сервер, а не публичный - дело может быть в том, что публичные DNS серверы тротлят если к ним часто обращаются, так что если приложению надо обращаться к внешнему API оно будут часто резолвить имена, что приведёт к задержкам.