Вот тут есть решение для Apache:
searchengines.guru/showpost.php?p=8776153&postcount=11
Суть метода в подмене robots.txt для поддоменов на уровне сервера (отдаем заранее подготовленный специально для поддоменов robots.txt, а не из папки поддомена).
Буду благодарен за подобное для Nginx (решение Виктора Савченко не подходит - нужен robots.txt).