Для начала загрузитесь с диска восстановления системы, войдите в дисковую утилиту и восстановите права. Потом можно в консоли и мониторинге системы посмотреть, что именно тормозит систему — что сколько отъедает процессорного времени, или памяти…
Если все таки решитесь сбросить систему в первоначальное состояние, придется переустановить с нуля. Скопируйте личные данные на внешний носитель и переустановите систему. Чтобы уж точно не осталось и следов старой системы, перед установкой в дисковой утилите сотрите большой раздел.