Как сделать так что бы на приложение не ругался Windows?

I think not just code signing, but to remove the Microsoft Smartscreen message you need to have an EV Code Signing Certifcate. As EV is the only way to elimited any smartscreen message.

Что будет указано в качестве Publisher если оформить Code Signing сертфикат на физическое лицо?

Я согласен. Приобретение сертификата подписи кода непосредственно у торгового посредника может дать нам огромную скидку, и это вписывается в наш бюджет.

CodeSigningStore является одним из торговых посредников, который предлагает сертификат подписи кода со скидкой до 70%.