- Hyper-V Server ничего не может, кроме Hyper-V и управляется только с PowerShell. У него почти нет GUI. Виртуалками через GUI можно управлять через удалённую оснастку со своего компьютера, подключившись через неё по сети к этому Hyper-V Server.
- Windows Server может всё, включая Hyper-V, и управляется через полноценный GUI.
Из-за того, что Hyper-V Server не может делать ничего лишнего, у него меньше потребления ресурсов самой ОС, а значит больше свободных ресурсов для виртуалок. Его ставят на больших парках гипервизоров (хостинг-компании) для повышения плотности.
Если перспектива писать командочки в PowerShell вместо тыка в интерфейс, и отсутствие задач на этом сервере кроме Hyper-V Вас устраивает, то выбирайте Hyper-V Server.