Если специально не постараться, то Virtual Box всё складывает внутри папки для виртуальных машин в подпапках соответствующей машины. Но никто не запретит пользователю расположить например файл диска там, где ему захочется. Если делали такое, то вспоминайте, куда что положили.
Но проще всего выполнить поиск по диску файлов с расширениями VDI, VHD (какой формат для виртуальных дисков Вы у себя используете).
Можно воспользоваться утилитами, которые показывают, какие папки на диске занимают больше всего места. Может диск C вовсе не виртуальными машинами забит?