Использую btrfs 4 года на 2 компьютерах. Единственная проблема с которой я сталкивался - необходимость ручного запуска балансировки (та самая ошибка, когда вроде как место закончилось). Но последний год-полтора этой проблемы больше нет. Может я как по-другому диск стал использовать, может это в ядре починили - не знаю. Но в любом случае для десктопа это не критичная проблема.
Если используете docker, то будете приятно удивлены, т.к. он задействует subvolume/snapshot для хранения образов, тем самым избавляясь от оверхеда и ограничений оверлеев (конкретно в aufs было ограничение на количество слоёв и повышенная тормознутость).
Зачем под этим нужен LVM? Ну если вам нужны другие файловые системы, то может и есть смысл. Если вам нужен другой дистрибутив поставить (например), то лучше использовать subvolume.
Лично я от LVM в последствии отказался, т.к. все его основные возможности присутствуют в btrfs. Но если вам нужен RAID, то сначала проверьте поддержку нужной схемы, т.к. в btrfs ещё не всё реализовали.
