Если лицензий куплено по числу процессоров (а также надо иметь ввиду, что если в сервере всего один процессор, то лицензии надо минимум две), то всё. Ваши проблемы решены.
Ни переустанавливать на даже повышать редакцию ОС не надо - лицензия Datacenter позволяет использовать неограниченное количество любых редакций Windows Server той же версии. То есть Win 2008/R2 Standart, Enterprise, Datacenter можно, а Win 2012 - нет.
Главное закрепить каждую пару лицензий за конкретным сервером, желательно документально (серийник сервера - лицензии). На случай проверки.

Если нужен бэкап именно гипервизора, то это бэкапится он как и любой Linux простым архивированием.
Если нужен бэкап виртуальных машин, то нужно соответствующее ПО (Acronis, Veeam, Symantec etc.), поскольку файлы виртуалок открыты для записи и копированию не подлежат.