Может кому пригодиться.

(вместо commons-collections4-4.4.jar пишем проблемную библиотеку)
jdeps --ignore-missing-deps --generate-module-info jars commons-collections4-4.4.jar
javac --patch-module org.apache.commons.collections4=commons-collections4-4.4.jar jars/module-info.java
jar uf commons-collections4-4.4.jar -C jars module-info.class