Длительное время использую WPS PDF(платный вариант), как основное приложение для работы с PDF, ибо в нём есть все необходимые инструменты. Работает с файлами на прямую, в системе, но и при необходимости есть облако.
https://ru.wps.com/office/linux/
Стоит добавить что сам по себе WPS Office, он бесплатен, а функции для работы с PDF платные. 