Если ты разрабатываешь более одного проекта, то безусловно необходимо использовать.

Virtualenv помогает настраивать несколько рабочих окружений и быстро переключаться между ними.

Я бы тоже рекомендовал использовать Markdown для таких целей.

Раз заражена вся сеть, то в первую очередь необходимо смотреть маршрутизатор, особенно если вирус заразил даже убунту.

Cannot access local file - означает что ты запускаешь свой javascript локально (file://). Тебе надо запускать свои скрипты используя веб-сервер. (http://) Поставь какой нибудь WAMP/LAMP и тестируй на здоровье.

Политика безопасности браузеров такова, что javascript не имеет доступа к локальным файлам.