из тех граблей по которым прошелся я
при билде через CLI
из папки Проект/www/ берется все и раскладывается по папкам проектов для платформ.
если ты исправил config.xml то! (мне пока непонятно как) у тебя дополниться в андроид-проекте manifest.xml, config.xml и еще один xml со строками, js в папке самого андроида замениться, js подключенных плагинов замениться,
но сам код на java не замениться - это если ты используешь плагины, из за этой чехарды я через CLI и не собираю, а если при этом еще добавить проект на iOs вообще мрак.
Сейчас я делаю приблизительно так
делаю проект
cordova create test org.my.test test
добавляю платформу
cordova platform add ios
cordova platform add android
ставлю плагины
cordova plugin add org.apache.cordova.media
...
cordova plugin add org.apache.cordova.device-motion
после этого уже CLI не использую вообще
подключаю в еклипс(я юзаю ADT) \проект\platforms\android\
там и провожу все правки, при чем
phonegap build android
или запуск из под CLI, перезапишет файлы и все сломается, этого лучше не делать.
Твои проблемы могут возникать из за того что правки ты вносишь в manifest.xml который тут -проект\platforms\android\ и он грохается при каждом билде через CLI который туда пишет свои конфиги
з.ы.
может это и вредный совет, но после третей пересборки проекта с нуля после того как CLI все убил, так как-то спокойней =) если кто подскажет как более выпрямить руки и CLI буду признателен)