jrip

Все-таки, имхо, какая бы не была дисковая подсистема, mysql все равно уткнется в нее при больших объемах insert.
И я бы думал изначально в эту сторону в плане производительности, т.е. думал бы к примеру о двух серверах подешевле, чем об одном дорогом.
Характер нагрузки вообщем-то непонятен, запросы к nginx+php тоже разные бывают, так-то неясно что вы там делаете.

Сталкивался с аналогичной ситуацией, редко обычно 1-2раза в день, на различных компьютерах и различных проектах. Закономерности особенной тоже не заметил, но кажется что обычно это происходит после копипаста чего-нибудь типа не совсем валидного хтмла либо яваскрипта с ошибками.

Если вы не чувствуете между ними разницы на практике, то используйте тот способ какой вам удобнее.
На то как оно внутри устроено можно не обращать внимания, обычно существует много более важных мест где следует подумать об оптимизации.

Если речь идет о рабочем сервере, то по-моему правильнее будет делать export, а не update.
Конкретно какие проблемы у вас возникают?
По сути сам php скрипт лишь запускает некоторую утилиту которая уже сама делает svn update, а задача php на этом заканчивается.