Во времена DOS было принято выравнивать разделы по границе цилиндра: в одном цилиндре 63 сектора. Сегодня применяется выравнивание по границе 1 МегаБайта - 2048 секторов по 512 байт. Подробнее: habrahabr.ru/company/paragon/blog/97436

Если попытаться создать раздел начиная с самого первого сектора, то, скорее всего, такой раздел будет недоступен операционным системам, поскольку в самом первом секторе должна быть MBR с таблицей разделов (либо protective MBR в случае GPT), без этой таблицы операционной системе неясно расположение разделов на диске.