Использую ноутбук с 2-мя дисками у меня все вот так смонтированно :
/dev/sda1(SSD) монтируем к /
/dev/sdb1(HDD) монтируем к /home
В вашем случае, если HDD может пропасть вообще, то как вариант можно смонтировать HDD куда нибудь в /media
и туда для удобства сделать сим линки на нужные каталоги типа "загрузки", "видео" из домашнего каталога.
Так в случае смерти HDD Вы потеряете только мусор, но не потеряете все конфиги от софта, что лежат в /home/$user.
Да и как показывает практика, SSD все равно живет дольше, чем любой HDD, так как последний быстрее посыпется, чем у первого циклы перезаписи закончатся.
