Станислав Бодро́в

Надо чтобы они каждый день в определенное время обменивались файлами через общую папку

Файлы насколько большие? Если не больше, то по smtp. Иначе - облачный диск: google, yandex, dropbx и т. д. Либо пилите свою VPN сеть.

Пропиши в /etc/rc.d/rc.local
Или настрой в systemd.

Похоже на проделки провайдера последней мили или транзитного. Они не особо жалую GRE трафик.

Пытался установить сертификат в систему

Установка в систему - это установка в операционную систему. Надо установить в сам браузер
У браузеров есть своё хранилище сертификатов. У каждого своё.

Система не может найти на флешке файлы инициализации загрузки.

Есть такое явление как "жадный сосед", когда на пуле виртуалок, коими являются VDS, появляется клиент, который начинает хорошо использовать ресурсы, какой-нибудь подсистемы. Обычно это дисковая подсистема, т. к. другие ресурсы (CPU, RAM, Net) изначально порезаны согласно тарифным планам. С дисками обычно кое-как. Во время бэкапов или ещё каких явлений, наблюдаются проседания производительности.
Что делать? В развёрнутом виде с указанием подробных технических параметров писать в поддержку.
Другой вариант развития событий, когда понараздают ресурсы под виртуалки клиентам, которых в наличие нет.

Проще посоветовать, во что не вступать - zabbix, nagios. Там всё сложно, крайне монструозно и вырвиглазно.
Лучше что-то по новее, по проще. И красивще

Компьютер не видит подключенные колонки

не видит не колонки, а устройство, которое на них выдаёт звук.

Проблема в том, что для Linux (Antergos x64) нет драйвера VIA

без драйвера ОС не может работать с этим устройством. Что делать? Методом проб и ошибок искать подходящий.

Не думаю, что приходится под сотню раз вводить рутовые пароли на разных серверах по тем или иным причинам. В крайнем случае, когда это осточертело, есть менеджер паролей KeePass, с помощью которого можно быстро вставлять пароли и не бояться, что они куда-то не туда попадут из буфера обмена.
Считайте, что это ваша двуфакторная авторизация.