Евгений

Код ниже объединит ВСЕ .js файл из папки bower_components и её подпапок.
В итоговым файле первым будет jquery, затем bootstrap, а потом все остальные.

Важно! В массиве сортировки (а точнее "упорядочивания") необходимо использовать пути относительные к пути изgulp.src

// When passing gulp.src stream directly to order, don't include path source/scripts in the order paths.
// They should be relative to the /**/*.js.

Источник

gulp
  .src("bower_components/**/*.js")
  .pipe(order([
    "jquery/dist/jquery.js",
    "bootstrap/dist/js/bootstrap.js"
  ]))
  .pipe(concat("all.js"))
  .pipe(gulp.dest("some/path"));