Я так понимаю, что у вас vsftpd использует системных пользователей и их домашние каталоги.
Варианта минимум два.
1. Прописать нужному юзеру в качестве домашнего каталога требуемый
2. Использовать что-то более приличное, например pure-ftpd, в нем использовать виртуальных пользователей и виртуальному пользователю указать желаемый дом.
Скорее всего проблема в ФС, не родной для линукса. /media - на корневом разделе, который в ext4 же? Внешнее устройство - флешка? Переформатируйте ее в ext2 и попробуйте заново. Если так устроит - ок. Если хочется все-таки флешку с vfat - выложите целиком используемый Вами конфиг minidlna.