jcmvbkbc

Timeout шлёт сигнал sigint если приложение не завершилось за определенное время.

Нет, по умолчанию он шлёт SIGTERM. Чтобы он слал SIGINT воспользуйтесь ключом --signal=INT (см).

Почему после окончания таймаута, утилита завершается, но без надписи "session saved"?

Потому что не тот сигнал?

файл "Название какого-то файла.mkv" $WhatFile возвращает в виде "Название" , отрезая всё, что есть после первого пробела

для этого вместо for WhatFile in $(...) лучше использовать конструкцию find ... -print0 | xargs -0 .... Т.е.

find $Downloads -regex ".*\.\(mkv\|m4v\|mp4\|ts\|avi\)" -and -mmin +30 -print0 | sort -zr | xargs -0 -I\{} bash -c '
WhatFile=\{}
// извлекаем название найденного файла
WhatFileName=$(basename "$WhatFile"  )
echo "$WhatFileName"
// извлекаем папку найденного файла
WhatFolder=$(dirname "$WhatFile"  )
echo "$WhatFolder"
// извлекаем папку найденного файла
#echo WhatFolder $WhatFolder
#переименование
#файла
  if [ -n "$WhatFileName" ]; then
  WhatRenameFile=$( echo "$WhatFileName" |
  sed -f "$Renamer" )
    if [ "$WhatFileName" != "$WhatRenameFile" ]; then
      echo "переименовываем файл из "$WhatFileName" в "$WhatRenameFile""
    mv -fv "$WhatFile" "$WhatFolder"/"$WhatRenameFile"
  echo "пауза 2 секунды"
    sleep 2s
  else 
    echo "Файл соответствует правилам "$WhatFileName""
    fi
  #echo $WhatRenameFile
  fi
'

файл становится пустым после скрипта

sed 's/${search%$'\n'}/${replase%$'\n'}/g' $file > $file

неудивительно, >$file делает файл пустым ещё до вызова sed. Чтобы редактировать файл на месте у sed есть ключ -i:

sed 's/${search%$'\n'}/${replase%$'\n'}/g' -i "$file"

При ситуации, когда был найден вариант файла подобного вида, скрипт впадал в кому
Экспроприатор (16 сер.) - web-dl1080p.mkv*

Взять аргументы в кавычки:

Serials_file_destination=$(basename $Serials_destination)

заменить на

Serials_file_destination=$(basename "$Serials_destination")

и по аналогии в других местах: dirname, mv.

Так происходит, потому что подстановки в bash нерекурсивные. Т.е. если результат подстановки создаёт новую конструкцию, с которой произошла бы подстановка, будь она записана в исходном тексте скрипта, bash не будет её интерпретировать. Это ограничение можно обойти с помощью функции eval, которая интерпретирует свой параметр по всем правилам bash. Т.е. пример из вопроса можно записать так:
du -sh ~ --exclude=$(eval echo $HOME/{$excludes})
Оборотная сторона такого решения -- $excludes становится частью скрипта, и если он контролируется извне, туда легко можно всунуть rm -rf /* как побочный эффект.

for i in ${hr[@]}; do
echo ${hr[i]}
done

Bash думает, что если число начинается с 0, то оно в восьмеричной системе счисления и числа 8 в ней нет. Что делать?

Выбрать, что же именно у тебя лежит в массиве -- строчки или индексы. И если выбрал строчки, то не интерпретировать их тут: echo ${hr[i]} как индексы. А если выбрал индексы, то следовать правилам написания чисел.

Я бы сделал так:

#!/bin/bash

hr=(00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23)

for i in ${hr[@]}; do
echo $i
done

мой массив слайсится не так как нужно

после второго двоеточия идёт длина а не индекс. Т.е. должно быть echo ${array[@]:$j:6}

на выходе получаю архивы только с фамилией, а не со всей строкой(

добавь кавычки:

#!/bin/bash
while read REPLY; do
zip -r "/nichego/$REPLY" /archivs/* ;
done < fio.txt

Bash Script работает некорректно, почему?
#!/bin/sh
В чем может быть проблема?

Потому что это не bash скрипт. bash скрипт начинается словами #!/bin/bash. Твой скрипт хочет чтобы его выполнял /bin/sh, а он не обязан быть башем.

Прошу помочь с оптимизацией данного скрипта.

Избавиться от цикла, перенеся логику внутрь команды передаваемой в --msg-filter. Примерно так:

#!/bin/bash

fille="$1"

cmd=

while read -r line; do
  source=$(echo "$line" | awk 'BEGIN { FS = "," } { print $1} ');
  target=$(echo "$line" | awk 'BEGIN { FS = "," } { print $2} ');
  cmd="${cmd}s,$source,$target,g;"
done < "$file"

git filter-branch -f --msg-filter "sed -e '$cmd'"