Получается, что я связующее звено между всеми отделами (Производство, Бухгалтерия, Логистика) - придумываю решение а индус все это дело кодит.

Вот тут вся суть твоего вопроса. Ты - не программист, не разработчик, ты - архитектор или как минимум менеджер проекта. И не надо расстраиваться на тему того, что тебя не тянет программировать. Не тянет - значит, не твоё. А вот руководить у тебя получается, судя по всему. А если получается руководить и придумывать решения появляющихся задачи и проблем, так и занимайся этим. Не все специалисты, задействованные в разработке ПО, обязательно должны программировать. Мой совет - развивайся в этом направлении дальше, а программирование оставь тем, кто этим действительно хочет заниматься.

Для начала: Java != Java EE. Прекращение разработки Java EE со стороны Oracle никак не повлияет на жизнь самого языка программирования. Есть вообще сомнения, что Oracle решится на этот шаг, т.к. у них самих большое количество проектов именно на Java EE разработано.

Плюс стоит помнить, что Java EE - это набор спецификаций, а не конкретная реализация. Java EE состоит из кучи JSR, которые обсуждаются и принимаются JCP (Java Community Process), то есть сообществом, в котором кроме самих Oracle есть Red Hat, IBM, Spring, Apache и многие другие. Oracle может просто передать управление Java EE сообществу. И да, новые JSR выходят вне зависимости от Java EE.

И стоит помнить, что на Java EE интерпрайз не кончается, ведь есть ещё Spring, который развивается гораздо быстрее и занимает существенную нишу на рынке.

Так что, учитывая сказанное выше, учить однозначно стоит, если есть желание.

Однозначно лучшая книга по Spring - официальная документация. Из книг: Spring in Action и Spring 4 Pro

Потому что использование логгеров, в отличии от System.out, позволяет менять уровни логгирования или даже отключать его на лету. А в целом какой-то серьёзной разницы нет.