Наверное, надо не строку, а массив класть в coordinates. Попробуйте заменить
'['.$row['y_coordinates'].']'
на что-то вроде
explode(', ', $row['y_coordinates'])
А если нужно, чтобы элементы массива были числами:
array_map('floatval', explode(', ', $row['y_coordinates']))
