1. Попробуйте для начала утилиту unhide для поиска спрятанного процесса (если таковой есть)
2. переустановите все пакеты. Вот скрипт:
#!/bin/bash
for pkg in `dpkg --get-selections|awk '{print $1}'| egrep -v '(dpkg|apt)'`; do apt-get install --reinstall -y $pkg; done
3. Используйте tripwire для контроля целостности файлов (на будущее)
