1) можно попробовать пакетизировать свое приложение (deb, ebuild, rpm) + запилить автосборку
2) в шефе, можно создать ресурс git-а и например делать pull и некий набор нужных вам команд, думаю нечто аналогичное сооружается в паппете
На Хабре была статья Finder: сначала папки, затем файлы, но для версии 10.8.3 она уже не актуальна. Может кто подскажет как сделать первым показ папок.
Посмотрите на XtraFinder, среди многих его функций есть и нужная вам.
