Лучше описать вашу "более сложную топологию" и проблемы с которыми столкнулись.
Как правило, если в дефолт VPC у вас все завелось, то при поднятии VPN хоста в паблик подсети вашего VPC доступ внутрь VPC работать будет. Проблемы могут быть в маршрутизации, доступе(SecurityGroup\NetworkACL) и других особенностях организации вашего VPC.
Если у вас внутри вашего VPC только linux хосты - лучше не исполmзуйте VPN для администрирования. Рекомендованное решение - бастион.
Для доступа ваших пользователей внутрь VPC пока только VPN.