Отвечаю сам. В интернете много постов с таким вопросом и без ответа. Случай не единичный. На самом деле в Виртумарте есть косяки с пагинацией и кэшем, но моим решением стало вот что. На сайте был установлен компонент CSVI для импорта товаров и категорий. Через него я импортировал родительские и дочернии товары. В этом и оказалась загвоздка. Импорт не проходил идеально, хотя и внешние признаки были почти не заметны. Понаблюдав за процессом, я сделал выводы, что частенько артикулы перемешивались или не прописывались, в итоге оставались товары (родители и дети) не связанные друг с другом. В моем случае мне помогло разделение импорта - сначала товары-родители, потом товары-дети. Отдельным файлом картинки к товарам. Только так импорт был корректным и дубли перестали появляться.