Как сделать правильно работающую пагинацию при использовании django-filters?

django_filters в вашем случае на пагинацию не влияет, т.к. участвует только в формировании queryset.

Попробуйте при генерации ссылок для перехода на следующую страницу не использовать текущий урл, а генерировать новый, используя параметры из контекста шаблона.

Например:

<a href="{% url 'view_my_city' slug='Казань' %}?page={{ page_obj.next_page_number }}&square_for_filter_min={{ square_for_filter_min }}&floor={{ floor }}">Страница №2</a>

Пример шаблона стандартной пагинации тут.