В python есть специальная функция (или, наверно, метод?) zfill(), предназначенная именно для дополнения строки до нужной длины нулями слева. Т.е. при выводе легко восстановить нужную длину печатаемого числа, превратив его в строку и напустив на него zfill(кол-во знаков, до которого надо добить нулями).