Сергей Прокопенко

Вам нужно отлавливать touchmove на элементе, который можно скроллить и отменять переключение экрана. Если доскроллили до конца элемента, то можно и экран проскроллить.

Либо добавить ползунок и текст скроллить только перемещением ползунка

на разных экранах оттенок фона видео не совпадает с фоном сайта.

Дело не в экранах, а в браузерах и операционных системах. Разные реализации браузеров под разные ОС используют разные реализации кодеков.

Кто-то сталкивался, можно решить эту проблему?

Отказаться от использования видео в пользу SVG анимации. Хотя в вашем случае хватит и CSS манипуляций с картинками.
Как минимум, при таком решении не будете скармливать пользователям мобильных 15мб бесполезного трафика.

Ждать пока загрузятся все картинки и только потом скроллить к секции, проблема же не в якорях, а в том что картинки выше секции занимают место и пока они не загрузились подсчет позиции секции рассчитывается неправильно. Или же убирать плавный скролл при переходе с другой страницы.