задачка несложная, решал
скидку раскидываете по строкам чека (например, пропорционально сумме строки),
получаете сумму строки чека со скидкой, потом вычисляете цену заново (разделив сумму со скидкой на кол-во),
обязательно округляете цену до копеек (всегда в меньшую сторону!!),
проводите все эти строки по фискальнику (вычисленная цена со скидкой * кол-во)
ну и в конце фокус, при введении 54ФЗ у фискальников пропала возможность делать уценки на чек - цену надо указывать с учетом скидки, но копеечные уценки делать можно, => делаете уценку на чек на кол-во копеек которые образовались из-за округление цены в меньшую сторону