Себестоимость сертификатов - нулевая. Экономят на саппорте, серверах, многоещёчем.
В случае чего, тяжелее будет выбить страховку, скорее всего. Хотя мне вообще неизвестны случаи, чтобы кто-то получал страховку по сертификату.
Ну и нужно сравнивать сертификаты. Там действительно может быть сертификат "третьего" уровня (хотя сейчас у всех стали отбирать промежуточные сертификаты для подписи).
А вообще, в случае с Comodo всё очень просто - они очень не любят продавать дешевые сертификаты, но рынок поиметь хотят. Поэтому сами они занимаются, в основном, дорогими EV для банков-юриков-etc, а всю мелочь сваливают на партнеров. Того же Enterprise Platinum они партнерам явно не дают продавать.
Comodo нужно как-то конкурировать со StartSSL, они решили делать это таким образом (в принципе - разумно, геморроя с этими дешевыми сертификатами в поддержке не оберешься). Плюс наверняка им проще продавать через реселлеров не в США по юридическим причинам.