Относительно недавно училась в аспирантуре ИПУ РАН. У меня было два научрука, один заставлял ходить в МГУ на семинары, которые там ведет, другой - на различные лекции в Вышке, т.к. там тоже преподаёт. Видела ребят из Физтеха, из Бауманки, из МГУ на различных семинарах.
Трудно сравнивать между собой ребят из Физтеха и МГУ, и те, и те, молодцы-ботаны. В Вышке учатся как старательные молодцы, так и платные раздолбаи. У нас, кстати, на работе (высоконагруженный сайт на Ruby on Rails и прочей лабуде) сейчас работает один товарищ из Вышки, рубистом. Молодец, хоть и не такого высокого академического полета, как какой-нибудь чувак из МГУ. Но в алгоритмах достаточно хорошо сечёт. Показалось, что в Бауманке учатся ребята попроще.
В Вышке много очень полезных практических семинаров. У них вон с Яндексом совместный компьютерный факультет, например. Из практического - посещала там лекции зарубежного профессора по механизмам налогообложения. Очень понравилось. Туда приезжает много зарубежных спецов, всех гонят слушать семинары-лекции на английском языке. В Вышке стимулируют науку, можно получать достаточно хорошую (для научного сотрудника) зарплату, если имеешь статьи в хороших зарубежных журналах. Соответственно туда стекаются хорошие учёные, в поисках дополнительных заработков. Так что если хотите потом в аспирантуре чего-то достичь, или получить больше практических знаний, то вам -- туда. Если были бы такие возможности, как у вас, и можно было бы всё начать сначала :), то мой рейтинг был бы таков: Вышка, Физтех, МГУ, Бауманка.