Откуда у тебя приходит переменная config? Где она ещё используется?
read() будет дочитывать данные в текущее состояние конфига, не сбрасывая его в ноль перед чтением.
Не экономь, создавай отдельный экземпляр парсера на каждый файл.
Ну и да, база данных в ini? Лучше не надо. sqlite не настолько сложен.