Простите, а какая связь между вашим рабочим ПК и конкретно Git?
Если на компе папка, удалите её нахрен, но толку-то, если есть удаленные репозитории.
Но в идеале, просто переустановить систему в последний рабочий день.
Хотя в большинстве случаев, систему переустановят после вашего ухода.
