Илья Малиновский

Проблему удалось решить повышением php cli до версии 5.6 + удаление подключения сторонних модулей из init.php

На сколько я помню, эти галочки отвечают за подключение min версий. То есть если в папке css есть файл account.min.css и включена настройка подключать минифицированные css . То он подключит min версию, если же min версии нет, он подключит обычную. Так же это касается и js скриптов

Средствами битрикса, так сделать не получится. Придется лесть в код и делать проверки.
А вызвать 404 можно следующей функцией

\Bitrix\Iblock\Component\Tools::process404("",true,true,true);

Сложно вот так вот сказать, надо смотреть реализацию компонента bitrix.menu. Возможно там какие-нибудь условия прописаны горе программистом были