ildar r. khasanshin

ctrl+shift+m

будете смеяться, но для этого нужно ставить доп. плагин https://plugins.jetbrains.com/phpstorm/plugin/7236...

ctrl+k не пробовали нажимать, находясь в терминале?

в remote host (справа по умолчанию) можно выбрать несколько папок (с зажатым ctrl или shift) и в контекстном меню выбрать exclude path - результат сразу же отобразится в deployment - excluded paths