ikzsl

Это не ошибка, это предупреждение, по сути оно работе не мешает, но если бесит легко фиксится, нужно в предложенном в доках pipe заменить browsers: ['last 2 versions'] на overrideBrowserslist: ['last 2 versions'] и тогда предупреждение пропадает))

.pipe(autoprefixer({
            overrideBrowserslist:  ['last 2 versions'],
            cascade: false
        }))

Дисклеймер: Я не гуру БЭМа и давно не заглядывал в их доки. Данные стоит перепроверить.

На мой взгляд, есть 3 варианта, которые не противоречат методологии:
1) Кладем .logo внутрь элемента .header__logo, стилизуем header__logo. Всё просто, не требует ничего специального.
2) Вешаем .header_logo на .logo . Шаблонизатор (в данном случае - галп плагин) должен уметь прокидывать пропсы к подключаемым файлам, т.е. должно выглядеть типа `@include('../blocks/logo/logo.html', {"className": "header__logo"})`. По БЭМу блок может быть элементом другого блока
3) Переопределяем стили типа `.header .logo`. БЭМ, насколько я помню, тоже позволяет переопределять стили в зависимости от контекста.
4) Делаем модификатор, например `logo--highlited`, который уже стилизуем в рамках блока. Так же шаблонизатор должен это уметь.

Единственно-правильного способа, как мне кажется, нет.
Для позиционирования я, обычно, применяю 1-й способ. Для изменений стиля/цветов только в данном конкретном контексте - 2 или 3.
Если изменение требуется не только в контексте одного блока, а где-то еще - то 4.

Просто взять и перенести все содержимое, включая папку .git и все скрытые файлы и папки.
Или удалить неправильную папку и склонировать заново в нужную, если заморачиваться не хочется и изменений никаких несохраненных на сервере нет.