В dirs.txt перечислены все директории (обоих уровней вложенности)?
Насколько я понимаю, в директории может быть максимум 1к файлов (+поддиректорий, если это директория верхнего уровня), верно?
Что вы имеете ввиду говоря о 12-ти часах на сканирование? ....
Носитель - HDD?
Не может ли узким местом быть параллелизация сканирования? Мне думается, было бы эффективней делать это в один поток.
С какими ключами вы запускаете rsync?
Вопрос именно об единоразовой операции? Вам потом не нужно будет их синхронизировать?
Какую версию rsync используете?
Все файлы лежат в одной директории или разбиты на поддиректории?
Какая ФС? Используется ли lvm?